3代目ワゴンR

1998年には軽自動車の規格改定に合わせフルモデルチェンジされて、2代目ワゴンRが登場する。
3代目ワゴンでは丸みのあるデザインであった2代目とは対照的にスクエアデザインが復活した。
活溌段階において全モデル5ドアデザインだったため使い勝手が向上している。
直接直接噴射式ターボエンジンが採用されたスポーツグレードの他、全グレードにタコメーターを搭載している。
ラインアップの構成はFA FX FT FS RR RR-DIと多義にわたっている。
さらにエンブレムにはSマークになり、リアにもエンブレムが付いた。
ターボ車には空冷式インタークーラーの小型高効率モデルに改良され、今まであったエンジンフードにあったエアーインレットがなくなった。
2003年12月に国内累計販売台数が200万台を突破する。
2004年に特別仕様車であるFXリミテッドモデルを発売。これには14インチアルミホイールやエアロバーツ、こう背のうオーディオや皮製のステアリングホイールを搭載している。
7月には天然ガス自動車も3代目にフルモデルチェンジする。
2005年9月にはマイナーチェンジされてフロントグリルやホイールキャップ、リアコンビランプなどのデザインが改良される。
また発光式メーターの搭載やインストゥルメントパネルも改良などがなされた。
2006年には国内累計販売台数250万台を達成したのを記念して、特別仕様車250X、Tをそれぞれ発売する。
2007年にはワゴンRスティングレーという派生モデルを発売する。
これはワイドタイプのディスチャージヘッドランプや新しいデザインのボンネットなどワイルドなブラックデザインとなっている。
5月にはマイナーチェンジを行い、キーレススタートシステムを新たに採用した。
2008年6月には国内累計300万台を記念した特別仕様車リミテッド、スティングレーリミテッドを発売する。