2代目ワゴンR

1998年には軽自動車の規格改定に合わせフルモデルチェンジされて、2代目ワゴンRが登場する。
2代目ワゴンでは全体に丸みがついた女性ユーザーを意識したデザインとなっているとも言える。
初代よりも若干ボディサイズが大きくなった印象を受ける。
スズキでは地道な改良を進めていたため、連続ヒットとなった。
全モデルと同様に、派生車やOEM車との部品などの共用化などを進めていて、ステアリングホイールやフルホイールキャップなどは共通のものとなっているなど、徹底的なコストダウンもされている。
1998年では11月には生産台数が100万台達成する。
1999年にはFX-Tをベースにした特別仕様車FX-Tリミテッドを発売する。これは2DINサイズのオーディオ、ホイール、電動式のドアミラーを搭載している。
1999年には国内での累計販売台数が100万代に達した、これを記念して100万台記念限定モデルを発売した。本革シートやホワイトパールの塗装などが特徴である。
その後軽自動車としては初めて燃料に圧縮天然ガス(CNG)を採用したモデルを発売。
1999年にマイナーチェンジされて、NA車にはDOHC4バルブVVTエンジンを搭載した。
ターボ車は4速ATに変更される。
同年12月にはRR-Fのオーディオ機能を改良した特別仕様車であるRR-FSリミテッド、FXにメッキパーツを採用し、内装をグレードアップした特別車スペシャルを発売した。
2000年4月に3ドアモデルが廃止されて5ドアモデルのみとなる。
2002年ミキハウスと提携した特別限定車のミキハウスバージョンを限定3000台で発売。
翌2003年には軽自動車においての販売台数30年連続No1を達成する。